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miRNA靶基因預(yù)測與驗證相關(guān)問題解答
  • 發(fā)布日期:2018-01-05      瀏覽次數(shù):2674
    • miRNA主要通過與靶mRNA的結(jié)合,或促使mRNA降解,或阻礙其翻譯,從而抑制目的基因的表達。用生物信息學方法準確快速地預(yù)測miRNA的靶基因,可以為研究miRNA功能提供線索。 

      下面總結(jié)一些熒光素酶實驗中常見的問題。  

       

      1轉(zhuǎn)染成功如何判斷? 
       

      共轉(zhuǎn)染的幾個質(zhì)粒中,3' UTR質(zhì)粒及Renilla質(zhì)粒可通過zui終的luc讀值判斷是否轉(zhuǎn)染成功,而miRNA質(zhì)粒或mimic的轉(zhuǎn)染情況無法從zui終的luc讀值做出判斷,因而針對miRNA,轉(zhuǎn)染是否成功可用以下方法進行: 
      i.如轉(zhuǎn)入的miRNA帶熒光標記如GFP,則可直接在轉(zhuǎn)染后、細胞裂解前,顯微鏡下觀察細胞熒光; 
      ii.如轉(zhuǎn)入的miRNA不帶任何熒光標記,可考慮進行miRNA的qRT-PCR檢測,通過檢測結(jié)果判斷實驗組2、4、6是否相對其對照組miRNA有顯著過表達。 
      iii.設(shè)置一個熒光質(zhì)粒轉(zhuǎn)染參照組,同批轉(zhuǎn)染一個組的細胞,間接反映出同批次實驗的轉(zhuǎn)染情況。  

       

      2如何判斷實驗體系無異常,獲得客觀的實驗結(jié)果? 可以從以下幾個方面來考察實驗結(jié)果的客觀性: 

      對照的2個實驗組,即實驗組1與實驗組2 luc表達情況應(yīng)無顯著差異; 轉(zhuǎn)染正常,質(zhì)粒或mimic確保成功轉(zhuǎn)染入細胞; luc檢測值在儀器檢測線性范圍內(nèi)。  
       

      3 陰性結(jié)果如何理解? 

      在確保實驗體系無異常的前提下,如果zui終檢測到的結(jié)果是陰性結(jié)果,則基本可以判斷目的miRNA不能直接調(diào)控靶基因的表達,不死心的話就再做一次,如果仍然是陰性結(jié)果,死心吧。 
      有的同學說我一次做出陽性結(jié)果一次做出陰性結(jié)果咋辦?那就恭喜你再重復(fù)吧,結(jié)果一直波動的話可能是實驗系統(tǒng)或其他原因,  

       

      4為何與文獻報導(dǎo)有差異? 

      實驗中,我們往往會遇到無法重復(fù)出文獻中結(jié)果的問題,這是肯定的,不同實驗室實驗條件、實驗材料、實驗細節(jié)并不能確保與文獻*一致所致。因此,只要我們相信自己就行。  
       

      5實驗體系是否可以優(yōu)化?如何優(yōu)化?

      該實驗的關(guān)鍵點在細胞狀態(tài)和轉(zhuǎn)染效率,轉(zhuǎn)染效率的優(yōu)化可通過調(diào)整共轉(zhuǎn)染質(zhì)粒的比例或調(diào)整轉(zhuǎn)染體系來進行,設(shè)置合理的質(zhì)粒轉(zhuǎn)染量梯度,觀察microRNA對靶基因的抑制是否存在劑量效應(yīng)或是否存在變化趨勢的一致性,從而使結(jié)論更加可靠。  
       

      6使用mimics的一些問題? 

      有的同學喜歡使用mimics來做實驗,其實mimics就是體外合成的成熟體miRNA,同樣可以反轉(zhuǎn)錄,用qRT-PCR來檢測表達量,但是大家應(yīng)該很少看到有文章把mimics的過表達量PCR結(jié)果放出來的吧,那是因為mimics的過表達通常在數(shù)萬到數(shù)十萬倍,miIRNA通常會靶向結(jié)合許多靶基因,這么強的外源過表達肯定會引起嚴重的脫靶效應(yīng),給審稿人把柄質(zhì)疑你嗎?對于這種找抽的行為大家肯定是積極規(guī)避的。質(zhì)粒介導(dǎo)的miRNA過表達由于是模擬了前體在生物體內(nèi)的剪切,其過表達通常在數(shù)十倍到數(shù)百倍,可能引起的脫靶效應(yīng)遠沒有mimics嚴重。 
       
      7是否還有其他方法驗證miRNA對靶基因表達的調(diào)控? 

      驗證miRNA對靶基因的調(diào)控,也可直接檢測miRNA過表達或下調(diào)表達后,靶基因在mRNA(qRT-PCR方法)或蛋白水平上的變化(Western Blot方法)。

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