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三維基因組Hi-C技術解析
  • 發布日期:2018-03-05      瀏覽次數:2205
    • Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象,利用高通量測序技術,結合生物信息分析方法,研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系,獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-Seq、ChIP-Seq等數據進行聯合分析,從基因調控網絡和表觀遺傳網絡來闡述生物體性狀形成的相關機制。

       

      一、技術優勢 

      1、無需專門構建群體,單個樣本實現輔助基因組組裝; 

      2、率高,人類基因組錨定染色體率為98%,排序和定;

      3、周期短,性價比高。  

      二、技術流程 

      1、用甲醛對細胞進行固定,使DNA與蛋白,蛋白與蛋白之間進行交聯;

      2、進行酶切(如Hind III等限制性內切酶),使交聯兩側產生粘性末端;

      3、末端修復,引入生物素標記,連接;

      4、解交聯,使DNA和蛋白、蛋白和蛋白分開,提取DNA,打斷,捕獲帶有生物素標記片段,進行建庫; 5、測序。

       

      三、生物信息學分析流程

       

      四、輔助基因組組裝流程

       

      五、應用領域

      1.染色體跨度的單倍型圖譜構建 為疾病風險預測提供思路 為腫瘤形成機制提供依據 
      為農業動植物經濟性狀連鎖標記及基因組進化奠定基礎  

      2.探索基因組的3D結構 
      有助于了解基因組折疊對基因表達的影響 
      有助于了解基因組三維結構對細胞發育,分化及細胞命運的決定  

      3.開發調控基因的DNA元件 
      揭示基因組遠程調控元件介導的分子網絡 
      通過分析調控元件空間互作熱點,開發潛在的藥物作用靶點  

      4.Hi-C輔助基因組組裝 輔助動植物基因組組裝 
      宏基因組組裝及菌群分類  

       

      六、送樣要求

      1、細胞交聯 
      2.5×106細胞量滿足一個標準Hi-C文庫,建議培養5×107至1×108,保證實驗可重復性  

      2、組織DNA  
      提供組織DNA量為15-20ug  

      3、運輸方式 足量干冰運輸

       

    魏經理
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